Рефугиумы — своеобразные убежища
В своеобразных убежищах — рефугиумах — сохранились уникальные растительные сообщества. Это участки букового леса с вечнозеленым подлеском из реликтового кустарника падуба, сохранившиеся в урочищах Куссаг и Цахсадком. Не менее уникальна тисовая роща, расположенная вблизи границы заповедника на Лесистом хребте. Попав в этот субтропический оазис, не теряющий своей зелени даже зимой, не веришь своим глазам: стволы тиса обвиты вечнозеленой лианой — плющом колхидским! Остается пока загадкой, каким образом это южное теплолюбивое растение растет в таком суровом для него климате с древнейших времен до наших дней?
Взяты под строгую охрану и редкие лекарственные растения: ятрышник пурпурный, ятрышник шлемоносный, траун — штейнера шаровидная и др.
Сильно пересеченный рельеф, различная ориентация горных хребтов и склонов, микроклиматические отличия вносят пестроту в прохождение фенологических явлений. Когда в Унальской котловине уже есть плоды яблонь, алычи, в Цее эти виды только зацветают. А разница между Алагиром и Цеем в сроках наступления сезонных явлений природы составляет почти 30 дней при разнице в высотах между ними всего в 1 км.
Ввиду того, что в природный комплекс заповедника входят все высотные пояса северного макросклона Центрального Кавказа, начиная от пояса эвксинских широколиственных лесов Предгорного, Лесистого, Пастбищного и Скалистого хребтов и заканчивая нивальным поясом, описание сезонных явлений проводится дифференцированно по высотным поясам.